El Campus Ciudad, que se encuentra en el centro de Alcalá de Henares -en su casco histórico-, en el que se han recuperado los edificios del viejo recinto universitario del siglo XVI, alberga al Rectorado, a las Facultadesde Filosofía y Letras, Derecho, Ciencias Económicas y Empresariales y Documentación, así como a la Escuela Técnica Superior de Arquitectura y Geodesia.
También se encuentran en el Campus Ciudad, entre otros, el Instituto Universitario de Investigación en Estudios Norteamericanos, El Instituto de Ciencias de la Educación, El Centro Internacional de Estudios Históricos Cisneros, El Instituto Internacional de Estudios Sefardíes y Andalusíes, El Centro de Estudios Cervantinos, el Centro Alcalingua, El Centro de Lenguas Extranjeras, El Instituto de Organización y Dirección de Empresas, La Fundación Centro Internacional de Formación Financiera y la Fundación General de la Universidad.
Desde Madrid
- En tren:
Desde las estaciones de Chamartín, Nuevos Ministerios, Recoletos y Atocha, salen trenes de cercanías de la línea C2 (Chamartín-Guadalajara) que llegan hasta la estación Alcalá de Henares-Universidad. Los horarios de los trenes figuran en la página web de RENFE.
La frecuencia de salida es aproximadamente cada 3 minutos en hora punta, y cada 10 minutos el resto de las horas. El tiempo estimado que se tarda desde Atocha hasta Alcalá ciudad es de 37 minutos.
Desde octubre de 2004, se podrá acceder también al Campus en el nuevo tren Civis de Cercanías, con un considerable ahorro de tiempo sobre el servicio de la línea convencional
- En autobús:
Desde Madrid (intercambiador de Avenida de América), salen autobuses de la empresa “Continental Auto, S.A.” con destino a Alcalá de Henares. El tiempo empleado en este recorrido es de 30 minutos aproximadamente.
- Línea 223 Alcalá de Henares (Campus Ciudad).
- Línea 227 Alcalá de Henares-Espartales (Universidad Campus Externo).
- Línea 229 Alcalá de Henares (Virgen del Val)
- Desde Torrejón también salen autobuses con destino Alcalá de Henares:
- Línea 225 hace el trayecto Torrejón-Alcalá (Centro)
- Línea 225A hace el trayecto Torrejón-Alcalá (Campus Externo).
- En coche:
Desde Madrid se llega a Alcalá de Henares por la Autovía A-2, Madrid-Barcelona. Hay varias salidas que sirven para entrar en la ciudad, aunque la primera de ellas es la 23, que sirve para llegar al centro de la ciudad y a las distintas Facultades enclavadas en el casco histórico.