El agua es necesaria para el desarrollo humano y el mantenimiento de los ecosistemas acuáticos. Los recursos utilizados en la mayor parte de las actividades humanas proceden de las aguas superficiales (ríos, lagos y embalses) y subterráneas. Aunque en principio se trata de recursos renovables, las aportaciones de ríos y acuíferos son irregulares, produciéndose episodios de sequías e inundaciones que pueden tener importantes repercusiones medioambientales e incluso causar pérdidas de vidas humanas.
El agua no existe en estado puro en la naturaleza, dada su facilidad para disolver una gran cantidad de sustancias químicas. Pero son las distintas actividades humanas las principales causantes de la contaminación de las aguas tanto continentales como marinas. A su vez, el deterioro de la calidad de las aguas crea problemas tanto en los ecosistemas acuáticos como en los distintos usos que el hombre pretende darle.
De los ecosistemas acuáticos existentes en España, los humedales son los de mayor interés por su singularidad y riqueza naturalística y por su función de zonas de invernada de aves migratorias. No hay que olvidar, no obstante, los ecosistemas fluviales y lacustres y los costeros y marinos, que han sufrido importantes impactos por la acción humana y que deben protegerse y restaurarse para devolverles sus características naturales.