Las aguas subterráneas provienen de la filtración de la lluvia o de las aguas superficiales a través de terrenos permeables y permanecen durante largos periodos en formaciones acuíferas de las que pueden ser extraídas por el hombre, construyendo pozos, sondeos o galerías. Su calidad natural depende del tipo de formación en la que se almacena, pero salvo problemas debidos a la intervención del hombre, suele ser adecuada para la mayoría de los usos.
Una de las causas más graves de deterioro es la sobre-explotación del acuífero que hace que baje el nivel freático y se produzca la intrusión marina, salinizándose el acuífero a niveles que lo inhabilitan para cualquier uso. Además, las actividades agrícolas contaminan con nitratos y pesticidas, las zonas urbanizadas con materia orgánica y microorganismos y la industria con productos tóxicos y metales pesados.
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