La estructura operativa de la Red de Observatorios de Sostenibilidad se basa en varios grupos de trabajo sobre temas de interés, tanto para los observatorios miembros como para la sociedad en su conjunto. En el Documento Marco para el funcionamiento de la Red de Observatorios de Sostenibilidad se establecen cinco grupos de trabajo, existiendo la posibilidad de proponer nuevos grupos por parte de los observatorios miembros de la red. En esta primera fase de funcionamiento de la Red están en marcha de forma efectiva tres grupos de trabajo